Dù chưa xác định một cách chính xác những loại vi khuẩn có lợi mà đường ruột khỏe mạnh cần, nhưng chúng ta biết điều cần thiết đối với một hệ vi sinh tốt là nó phải có nhiều loài vi khuẩn.

Nhiều yếu tố ảnh hưởng đến hệ vi sinh, bao gồm môi trường sống, các loại thuốc - như kháng sinh, và thậm chí cả việc chúng ta có được sinh ra bằng cách đẻ mổ hay không. Chế độ ăn uống cũng là một trong số các yếu tố ảnh hưởng hàng đầu đến thể trạng của đường ruột.

Vì vậy, dù không thể kiểm soát hết các yếu tố đó, ta vẫn có thể duy trì sự cân bằng của hệ vi sinh bằng cách chú ý đến những gì ta ăn. Chất xơ từ các loại thực phẩm như hoa quả, rau, quả hạch, đậu, và ngũ cốc là loại thức ăn tốt nhất cho vi khuẩn đường ruột.

Khi vi khuẩn tiêu hóa chất xơ, chúng sẽ tạo ra acid béo chuỗi ngắn giúp củng cố thành ruột, cải thiện chức năng miễn dịch, và giúp phòng ngừa viêm ruột, qua đó giảm nguy cơ ung thư.

Bạn càng tiêu thụ nhiều chất xơ thì càng có nhiều vi khuẩn tiêu hóa chất xơ sống trong ruột của bạn.

Theo một nghiên cứu gần đây, người ta đã đổi chế độ ăn cân đối, giàu chất xơ của một nhóm người Nam Phi sống ở nông thôn với chế độ ăn nhiều béo và nhiều thịt của một nhóm người Mĩ gốc Phi. Chỉ sau hai tuần thực hiện chế độ ít xơ nhiều béo kiểu phương Tây, nhóm người châu Phi sống ở nông thôn đã có dấu hiệu gia tăng viêm ruột kết, cũng như sụt giảm lượng butyrate, một loại acid béo chuỗi ngắn được cho là làm giảm nguy cơ ung thư ruột kết. Trong khi đó, nhóm đổi qua chế độ ăn nhiều xơ và ít béo lại cho kết quả trái ngược.

Vốn là một cách bảo quản thức ăn trước khi tủ lạnh được phát minh, lên men thực phẩm là phương pháp cổ truyền trên toàn cầu. Các món ăn như kim chi, dưa cải, bánh tempeh, và trà kombucha mang lại sự bổ dưỡng cho chế độ ăn uống của chúng ta. Sữa chua cũng là một loại thức ăn lên men khác có thể giúp đưa lợi khuẩn vào đường ruột, dù không có nghĩa là mọi loại sữa chua đều có ích cho sức khỏe. Những loại quá nhiều đường và không đủ vi khuẩn thì không bổ dưỡng. Đây chỉ là một số nguyên tắc chung. Cần có nhiều nghiên cứu nữa trước khi ta biết tường tận chính xác từng loại thực phẩm sẽ tương tác như thế nào với hệ vi sinh vật.